حجت الاسلام والمسلمین مظفری حافظ قرآن کریم است و با بهره‌مندی از دروس اساتید بنام از جمله حجت‌الاسلام آدینه وند، عالی، موسوی گرگانی، طباطبایی، جاویدی، مختاری و آیات عظام اعتمادی، اشتهاردی و شب زنده دار در دوره مقدمات و سطح حوزه علمیه تحصیل نموده است.

* آیت‌الله حسین مظفری با ورود به مؤسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی(ره) در سال ١٣٧٢ و به پایان رساندن دوره عمومی آن در سال ١٣٧۶ شروع به دوره تخصصی مؤسسه امام خمینی (ره) در رشته فلسفه در سال ١٣٧۶ می‌نماید و با استفاده از دروس عقلی و فلسفی اساتیدی همچون آیات عظام علامه مصباح یزدی، شیخ غلامرضا فیاضی، اکبر میرسپاه، محمدحسین زاده، عبدالرسول عبودیت اقدام به اخذ مدرک کارشناسی ارشد در سال ١٣٨٣ و دفاع از پایان نامه کارشناسی ارشد فلسفه با عنوان «بررسی نگاه مکتب تفکیک به کلیت فلسفه اسلامی» با نمره بیست در سال ١٣٨٣ می‌کند. این پایان‌نامه به صورت کتاب در سال ١٣٨۵ با عنوان “بنیان مرصوص” توسط انتشارات مؤسسه امام خمینی (ره) و انتخاب آن به عنوان کتاب سال حوزه در رشته فلسفه و کلام در سال ١٣٨۶ منتشر می‌شود.

 *وی برای فراگیری دروس عرفان نظری و عملی در محضر استاد معظم حضرت آیت الله سید یدالله یزدان‌پناه از سال ١٣٨٢ به مدت ده سال حاضر می‌شود.

 *چندین سال شرکت در درس تفسیر مفسر بزرگ قرآن کریم علامه آیت الله جوادی آملی و یکدوره مطالعه کامل تفسیر شریف المیزان از علامه طباطبایی و مقدار قابل توجهی از تفاسیر دیگر و همچنین مطالعه ده‌ها جلد از کتب روایی در مسیر علمی ایشان موثر بوده است.

 *شرکت در دروس خارج فقه و اصول از سال ١٣٧٧ به مدت حدود ده سال و استفاد از محضر درسی آیات عظام ناصر مکارم شیرازی، سید احمد مددی، شیخ صادق لاریجانی، سید محمدمهدی میرباقری، شیخ عباس کعبی، سید احمد خاتمی، شیخ مسعود مظاهری و فاضل کاشانی و رسیدن به درجه اجتهاد در حدود چهل سالگی در کارنامه درخشان علمی مظفری وجود دارد.

 *گذراندن دوره دکتری فلسفه اسلامی با گرایش حکمت متعالیه در مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) در سالهای ١٣٨۶ تا ١٣٩١ و دفاع از رساله دکتری با عنوان «تأویل عرفانی» در سال ١٣٩١ با امتیاز عالی از دیگر اقدامات آیت الله مظفری است. این رساله در سال ١۴٠٠ به چاپ رسید و در سال ١۴٠١ به عنوان کتاب سال حوزه برگزیده شد.

 *بیش از سی سال سابقه تدریس در موضوعات مختلفی همچون ادبیات عرب، منطق، بلاغت، عقاید، فقه و اصول، فلسفه، عرفان، روش تحقیق، تفسیر، و … در حوزه‌های علمی و دانشگاهی از اقدامات درخشان این نخبه علمی قزوینی است.

 *بیش از بیست سال سابقه تدریس در دوره مبارک طرح ولایت‌ بیش از بيست و پنج سال سابقه تبلیغ در مجامع مختلف دانشگاهی و مردمی از دیگر اقدامات ارزشمند این عالم وارسته می‌باشد.

 *انتشار حدود ٢۵ مقاله علمی پژوهشی و علمی ترویجی در نشریات علمی معتبر از این نخبه قزوینی در کنار کارشناسی حدود ٢۵٠ برنامه رادیویی در رادیو معارف با موضوعیت تفسیر قرآن کریم و مباحث مربوط به مسجد تراز انقلاب اسلامی وجود دارد.

 *آیت‌الله حسین مظفری از سال ١٣٨٩ عضو هیأت علمی موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) تاکنون بوده است و همچنين استادیار گروه عرفان و معاون تربیتی فرهنگی این مؤسسه از آذر ١۴٠٢ است.